2012年起，在5个地级市及所辖县、市(区)全部推行总额预付。付费方式中，首推总额预付制，即根据基本医疗保险基金预算情况、医疗机构服务能力，基本医疗保险经办机构向医疗机构支付固定费用，用于指定范围内参保人员的医疗服务支出。按季度向各医疗机构支付每季度预付总额的90%，剩余10%作为质量保证金，于次年3月底前与医疗机构结算完毕。
按人头付费制是指基本医疗保险经办机构按预先确定的每个服务人口的付费标准，以及医疗机构签约服务的参保人员数，向医疗机构支付费用。基本医疗保险经办机构根据各医疗机构历年门诊医疗费用情况，门诊总人次及一般诊疗费支付标准等确定各医疗机构门诊预付总额。按季度向各医疗机构支付预付总额的50%，各季度剩余50%于次年的3月底前与定点基层医疗机构结算完毕。

按病种付费制是指基本医疗保险经办机构按预先商定的每个疾病(或疾病组)的付费标准向医疗服务提供方付费。基本医疗保险经办机构确定试点病种名称、付费标准及价格调整机制。按季度向各医疗机构支付实际发生按病种付费基本医疗保险基金应付总额的95%，剩余的5%作为质量保证金，于次年3月底前按相应比例向定点医疗机构返还。

据悉，年终医疗机构实际费用未超过预付标准时，考核达标者，结余部分全部奖励医疗机构；考核不达标者，扣除违规费用后据实结算。