为解决管办分开、医疗资源合理配置、医疗机构协作分工等难题，加强公立医院改革顶层设计，实现组建公立医疗集团或设立医院管理机构等形式，福建省政府公布深化医改卫生体制改革措施，以期建立“管行业”和“办医院”的新型医院卫生体制改革管理体制。
　　具体实施方案中提出围绕“扩资源、转机制、强服务”三大任务，进一步推进公立医院改革，健全全民医保体系，完善基本药物制度和基层医疗卫生机构运行新机制。着力打造公立医院改革“123”工程，即全省一半以上县级公立医院全面实施药品零差率销售，深化厦门、三明两市公立医院改革，选择3家省属三级医院开展综合改革试点。同时方案还强调建立长效财政补助和价格调控机制，进一步落实政府办医责任，加大和规范政府财政性投入，禁止公立医院举债建设。
    在提高基本医保保障水平的基础上，福建省政府要求在部分省属和设区市三级以上医院开展医保付费总额控制下的按病种付费和按人头付费等支付方式改革。进一步巩固和完善基本药物目录增补、招标采购、配送供应等体系建设，落实政府对乡村医生的补助政策，进一步深化基层医疗卫生机构综合改革，鼓励将基础性和奖励性绩效工资总量全额由单位自主分配，基本完成基层医疗卫生机构历史债务化解任务。
    自2009年新一轮医改启动以来，福建省在公立医院改革、医疗保障体系建设、社会资本办医等方面取得了一些经验，涌现了三明市、厦门市、莆田市、石狮市、长汀县等一批医改典型。2015年1月，国务院医改领导小组决定将福建省纳入全国医改试点省。