这两个当然是有不一样的地方，城乡医保可以说是城镇居民基本医疗保险，主要是针对没有纳入城镇职工基本医疗保险制度覆盖范围内的非从业城镇居民、灵活就业人员、进城务工人员、学生儿童，以及经审核目前尚没有能力参加城镇职工基本医疗保险的困难企业职工。
缴费主要是以个人或者整个家庭缴费为主，财政补贴未付，参保者是能够享受到居民基本医疗和个人负担补助的，但是这个是不设最低缴费年限，也就是说必须每年缴费，不缴费不享受待遇。
新农合是所有农村居民都能够参加的，它的缴费水平相对较低，并且保障水平也比较低，新农合主要目的在于补偿农民的疾病医疗费用，因而门诊、跌打损伤等小病不在保障范围。
从缴费方面看，其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金，但不同地区的新农合水平和缴费情况也不一样，例如，2012年起，各级财政对新农合的补助标准从每人每年200元提高到每人每年240元。