第一套房是商贷，还款正在进行中，是可以申请公积金贷款的，这是没问题的。如果第一套是公积金贷款，还款没有结束是不可以做公积金的第二套房带的，除非第一套还清。他们管理中心的人员只查看您是否有公积金没有还清的现象，不管商贷，这是公积金的贷款最基本的政策，相信我，没错的。

当前公积金的政策非常好，也强烈建议您申请公积金的贷款。当前利率是3.87%，比商贷利率低（商贷利率为5.94%，如果按照七折计算应为5.94%乘以0.7等于4.158%），数字上看似乎没有便宜多少，但是按照理财的长期性分析，公积金的还款远远低于商贷的还款，这也是公积金贷款的初衷，它是国家政策性保障住房贷款，规定的利率原则就是要比商业贷款低廉。

公积金贷款手续相对繁琐，办理过程较长，约为1个月左右，纯粹的商贷办理费用低廉，而公积金则需要评估费和担保费，如果您选择了代办，则需要支付代办费（建议您不用代办，很不值，他们人员素质低下，效率也不高）。