基本制度建设不到位，制度设计安排存在先天性缺陷和未来利差损风险。作为一个社会事业方面的制度，制度的建设需要较大的投入，具有成本。早期的保险制度缺乏真正的社会性和作为基本制度的标志性特征，覆盖面低，参保人数规模不大，保障水平有待提高，距离帮助解决养老需求的目标还有相当大的距离。集中体现为政府缺少投入和资金扶助，农民不仅“自己养自己”，还出钱养活了庞大的农保机构和人员。除了基金管理造成的损耗，当初农保机构承诺了比较高的回报率，给付期养老金账户余额利率按８．８％计发，而增值渠道单一，由此造成的未来支付风险，也使得该农保试验不可持续。此外，主管部门操之过急，推进太快，技术支撑和管理都没有跟上，加上管理队伍和监督机制不健全，政策制定者和经办者没有分开，留下了很多后遗症。 

资金的筹集和保值增值问题。稳定、低成本的长效筹资机制是社会养老持续发展的前提条件，但目前在政府筹资和农民筹资两方面均存在着亟待解决的问题。对于政府筹资，在政府资金增长以及资金拨付等方面尚未建立起相关的制度保证机制。在农民筹资方面，工作难度大。受农村经济、社会文化特点、农民的价值观、养老保险制度的实施等各种因素的影响，在相当长时期内采用农民自愿缴费的方式进行筹资仍然有相当大的难度。尤其是对于特困家庭，经济状况不是很好，在筹资上难度很大，即使参加了养老保险，但在目前较低补偿水平的情况下，难以利用养老所覆盖的服务，必须动员和组合其他社会保障的力量。此外，现行的参保资金还缺乏可靠的投资渠道，资金难以保值增值。一些地方对农保基金的监管不力，直接投资甚至挪用基金的现象时有发生，也影响了农保事业的发展。 

管理资源短缺，管理能力建设亟待加强。有关工作管理体制至今没有理顺，造成不少地方管理工作断档。同时，信息网络化管理系统建设滞后，管理技术力量薄弱，多数基层养老保险管理人员只能承担最简单的、重复性的日常管理工作，在方案设计、对提供行为的及时监督、信息分析等方面的能力较差，这不仅增加了管理成本，也影响到养老保险的正常运行。一些养老保险经办机构存在着不规范的服务行为，影响到服务资金的使用效果和效率。由于有效监督机制缺位，地方监督力度不够，政策执行存在着不规范，监督缺位和违规成本过低，在部分地区实际操作中存在着一些违反政策和管理规定的行为。 

政策改革的配套问题。在市场经济的条件下，建立农村养老保险制度，不能单纯依靠政府的力量和农村自身的力量，还需要新的市场化要素的配合，不断推进政策改革，为农村养老保险的发展建立在市场经济运行成果的基础上创造空间和条件，使制度运行能在市场发展中不断筹集和运用资金。这些要素包括：发育长期债券和土地融资市场，发展农村土地现代产权制度，盘活农村土地要素资源，建立一个全国统一、长期稳定、与城镇保障形式接轨的复合型养老保险基本制度框架，在组织体系、筹资机制具有较强的适用性和发展性，在资金管理和监督管理严格有序，在养老保险奖励模式、实施方案和管理制度方面因地制宜，能够提高农民对新农保的信心和对养老资金服务的利用率等。目前我国相关方面的政策限制很多，改革进程十分缓慢，是一个重要的限制因素。