一是采取异地交叉检查、暗访、电话随访、夜间突击检查等方式，对伪造新农合住院病历、超范围执业、违规收费、不合理用药、不合理检查、违规报销、诱导参合农民过度医疗等行为进行重点检查，检查结果全市通报，对检查出的问题和隐患必须明确责任人和限定整改时间，情节严重的要暂停或取消新农合定点医疗机构资格。 二是借助纪检、监察、司法、审计等监督部门力量，对新农合管理过程中发现的各类违纪违规违法行为从严、从重查处，并通报典型案例。三是探索建立“黑名单”制度，强化定点医疗机构协议管理，对出现违法违规行为的医疗机构，坚决列入“黑名单”管理，并向社会公告。四是开展新农合经办机构工作人员职业操守教育和培训，鼓励和引导工作人员自觉遵守《四川省新农合经办机构工作人员行为守则》，严守职业纪律，规范从业行为，不断提升服务水平，确保基金安全和新农合制度的持续健康发展。
新型合作医疗，各地方交费数额不统一、交费时间不统一、收费人员不统一、收费时是否告知不统一、收费时是否签合同不统一、报销起付线不统一、封顶线不统一、报销比例不统一、报销项目不统一、不予报销的项目不统一、报销所需证据不统一、转院制度不统一等。新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益没有预想的那么大。