对于不少乡镇卫生院来说，常规的科室已经非常齐备，但特殊科室却相对较薄弱。2013年江苏省卫生厅为完善特殊科室建设，发出通知：安排20%左右乡镇卫生所建立特色科室试点，计划2-3年时间内将试点覆盖全省60%乡镇卫生院。
    政府发言人指出，试点阶段地级市卫生部门负责特色科室设置及审批。期望以乡镇卫生院特色科室建设为切入点和突破口，培育和扶植一批适合农村开展的特色服务项目，有利于完善乡镇卫生院服务功能，促进乡镇卫生院形成与县级医院功能互补、差别化发展的格局;有利于增强乡镇卫生院服务能力，缓解农村地区优质医疗资源供给不足，引导建立合理有序的就医秩序。
　　江苏省卫生厅指出，特殊科室建设主要围绕慢性病长期照护(护理、康复等);面向老年人、妇女、儿童、残疾人等重点人群的特色诊疗;与上级医疗机构合作建立联合病房，承接适合下转病人的治疗与管理;农村常见病、多发病中西医特色治疗技术;急诊、急救服务;特定的检验、检查服务。
    除此之外，乡镇卫生院在全面达到基本标准的基础上，可申请开展特色科室服务。开设特色科室的基本条件为：取得相关技术准入资格，具备开展特色科室服务的人员、设施、设备条件;有合理的特色科室收入分配方案;建立配套的特色科室管理规章制度，明确岗位职责、诊疗规范与技术操作规程，有防控医疗风险的措施;与上级医疗机构实施合作的，应签订长期合作协议。
    关于特殊科室就医报销问题，目前北京市6家医院的32个特色诊断、治疗项目已被纳入基本医疗保险报销范围。北京地区政策规定，凡北京市参加医疗保险的个人患病后除了可到自选的4家医疗机构及对全市开放的中医、专科医疗机构基础上，还可以到同仁医院、友谊医院、宣武医院、北大三院、人民医院、协和医院6家医疗水平较高的医院的32个特色科室就医。