日本给李登辉核发观光签证，不仅遭到中国大陆的强烈反对，在岛内也引起普遍质疑。不少“立委”指出，李登辉幕后操纵台湾高铁与日本新干线合作，是他最终能够访日的一大原因。

　　甩开欧洲高铁，与日本合作

　　2004年12月30日，亲民党“立委”李鸿钧披露，台湾高铁原本与欧洲签约，但为了让李登辉赴日本“治病”，只好违约与日本新干线合作，付出的21亿元新台币(下同，4元新台币约合1元人民币)巨额赔偿其实就是李登辉访日的机票。

　　台湾兴建高速铁路的计划已经出台好几年了，即建设一条从台北到高雄全长345公里的高速铁路，预计2005年10月开通。日本企业得知后，从1996年开始，以日本新干线等7家大型商社为中心，联合大约30多家企业，组成了“日本联合”组织，并与刘泰英(李登辉的大管家)的“中华高铁联盟”携手。与此同时，欧洲的一些主要企业组成了“欧洲高铁联盟”，与台湾高速铁路公司合作，也想一举拿下这个项目。1997年，台湾高铁公司最终取得优先申请人资格，与台湾当局签约。

　　就在日本闷闷不乐的时候，从1998年年初开始，本来与欧洲合作的台湾高铁却不断通过各种渠道向日本表示：本公司并不拒绝与日方合作，欧洲高铁正准备具体计划，我们希望日本也能提出一个计划。精明的日本人立刻明白，又一个机会到了。1999年4月、6月和9月，欧洲与日本分别提出了自己的提案书，双方开始从台湾高铁公司那里争夺“优先议约权”。结果，这一次是日本胜了，不仅承接了高达950亿元的核心机电系统工程，此后又陆续以590亿元承包了四段轨道铺设工程。

　　2001年初，愤怒的“欧洲高铁联盟”提请国际商务仲裁。2004年3月，国际商会裁定台湾高铁应赔偿21亿元。

　　李登辉和石原慎太郎穿针引线

　　日本最终夺标，外界传言很多，政治介入更是甚嚣尘上。尽管台湾高铁对此矢口否认，但李登辉与日本新干线脱不了干系早已是不争的事实。

　　1999年夏天，由李登辉口述、日本人撰写的《台湾的主张》一书出版。在这本大肆宣扬“台独”的书中，李登辉特意谈到了台湾高铁的建设问题，明确表示如果日本的商社和企业参加投标，台湾当局就应该做出“政治决断”，其意思不言自明。

　　当然，光有李登辉的偏袒还不够，日本方面也得有人穿针引线，东京都知事石原慎太郎就是不二人选。众所周知，他和李登辉在政治上臭味相投，两人经常互相吹捧。况且石原曾担任竹下登内阁的运输大臣，新干线是他的管辖范围，他很清楚哪些是关键人物以及如何配合李登辉等。1999年11月，石原绕过台湾“外交部”，直接接受李登辉的邀请，到台湾传授防地震经验。当时，岛内媒体就提出了质疑：1995年日本大地震，受灾的是神户和大阪，怎么来的却是东京都知事?果然，据后来披露，李登辉和石原两人秘密会谈的内容正是高铁项目。石原向李登辉承诺：“只要台湾的新干线落成，日本内阁成员就可以正式访问台湾，参加剪彩仪式。同时，两国国民的感情也会因此而加深。”

　　巧合的是，石原返回日本后，日方随即发动了一波又一波的攻势。当年11月22日，日本自民党亲台派参议员村上正邦和前运输大臣平沼赳夫专程到台湾与李登辉会面。12月初，当时的“东海旅客铁道株式会社”(简称JR东海，负责营运部分日本新干线铁路)社长葛西敬之又与台湾高铁负责人碰头。12月17日，也就是决标前11天，与台湾当局关系良好的日本《产经新闻》率先在头版头条披露，日本极有可能在“台湾新干线”竞标中胜出。