加工贸易手册执行完毕后，经营企业需向海关办理加工贸易手册核销手续。加工贸易手册核销是指经营企业加工复出口或内销后，凭规定单证向海关报核，海关进行核查后办理解除监管手续的程序。根据海关总署令219号相关规定，加工贸易手册报核期限有三种可选择的情形：加工贸易手册项下最后一批成品出口之日起30日内；加工贸易手册到期之日起30日内；经营企业对外签订的合同因故提前终止的，合同终止之日起30日内。

在加工贸易手册报核时，经营企业需如实申报进口料件、出口成品、边角料、剩余料件、残次品、副产品以及单耗等情况，并按规定提交相关单证。在报核之前，企业应自查提交的单证是否齐全、正确有效；报关单表头“备案号”与手册编号是否相符；加工贸易手册是否已按规定办结相关货物的结转、内销、退运、销毁等手续；核算进出口数量、重量及金额是否存在倒挂情况；如不符合报核条件，海关将不予受理并要求企业重新申报。

加工贸易手册中所涉及的边角料、残次品、副产品等，在核销时可选择不同的处理方式。边角料是指在加工贸易过程中产生的无法再用于出口制成品的废料；残次品是指无法达到出口标准的制品；副产品是指在加工生产出口合同规定的制成品过程中同时产生的其他产品。此外，加工贸易手册中常常会有剩余料件，可选择结转至其他手册继续使用。企业办理余料结转时需提交相关单证，如申报材料、剩余料件清单等。

对于受灾保税货物，是指因不可抗力或其他正当理由导致的保税进口料件和制品灭失、短少、损毁等情况。受灾保税货物的核销方式包括免税核销和征税核销。加工贸易手册中的货物若因不可复出口的原因需销毁，企业可委托具有法定资质的单位进行销毁处置，海关将根据相关单证和处置证明办理核销手续。海关有权监督处置过程，企业需如实申报处置所得收入，并按规定办理征税手续。

加工贸易手册核销流程及注意事项，对企业合规经营具有重要意义。企业务必严格按照规定提交材料，自查核对相关信息，合法合规地办理加工贸易手册核销手续，以确保海关手续顺利办理，避免不必要的问题和风险。