根据《工作安排》，2009年医药卫生体制五项重点改革分别为：加快推进基本医疗保障制度建设；初步建立国家基本药物制度；健全基层医疗卫生服务体系；促进基本公共卫生服务逐步均等化和推进公立医院改革试点。

《工作安排》要求，2009年11月底前，完成国家基本医疗保险药品目录调整工作，将基本药物全部纳入基本医疗保险药品目录，基本药物报销比例明显高于非基本药物。

同时要求，加强公立医院运行管理，建立以公益性为核心的公立医院监管制度。研究拟定推进医药分开、逐步取消药品加成、增设药事服务费、调整医疗服务价格的政策，使试点公立医院逐步实现由服务收费和政府补助进行补偿。

根据安排，公立医院改革按照先行试点、逐步推开的原则进行。2009年在东、中、西部地区选择12个左右具备一定条件的地级市，在100所左右公立医院进行改革试点，探索公立医院维护公益性与提高效率的具体实现形式。