同时拥有时，两着并不冲突。
1、性质不同
农村合作医疗属于政府行为，由国家规定实施；商业保险则是一种商业行为，保险人与被保险人之间完全是一种自愿的契约关系。
2、目标取向不同
农村合作医疗以社会价值为目标，体现的是国家的社会政策而非经济政策。以国家财政作为经济后盾，由政府统一组织实施或，从而具有非盈利性质。商业保险由保险者与被保险者双方按照自愿原则签订契约来实现，作为一项金融业务，具有以盈利为目的并趋于利润最大化的性质。
3、权利义务关系
农村合作医疗虽然为了增强参合农民的费用意识，要求参合农民缴纳一定数量的费用，但在国家和农民之间，不存在商业买卖关系，这一点突出地表现为特困户和五保户能够不用缴纳费用永久获得参加合作医疗的权利。商业保险以自然人为保险对象，是一种金钱上面的“有收有偿”、“对等互利”的关系，表现为“多投多保、少投少保、不投不保”的等价交换关系，并且契约一旦终止，保险责任即自行终止。
4、资金来源不同
农村合作医疗由国家及地方财政、个人来分担；而商业保险完全由投保人负担。
5、政府承担的责任不同
基金若出现风险后，政府最终承担兜底责任；商业保险受市场竞争机制制约，政府主要依法对商业保险进行监管，保护投保人的利益，但不承担直接经济责任。
6、二者补偿水平及保障方式不同
农村合作医疗更具人性化，各地的物价指数不同，给予的补偿水平不同，以此分享社会经济发展的成果，对于特困户和五保户，是与社会福利及人文关怀联系在一起的；商业保险的给付水平的确定只考虑补保险人缴费额的多少，而不考虑其他因素，主要体现货币支付的关系，缺少福利方面的内容。
7、可承担风险的范围不同
商业保险对于一些社会性风险，诸如通货膨胀、战争、大的地震、由于宏观决策失误而引起的经济衰退以及工人大量失业等等，是无能为力的，相对于社会保险来说，它们属于不可保风险。相比之下，政府作为拥有“暴力潜能”的国家机器，作为政权主体，无疑拥有某此强制权力，而任何商业性机构都不具备政府那种至高无上的权威和统筹兼顾、调节经济利益和经济关系的权力。政府的这种运用强制权力的能力意味着政府可以做私营机构或其他非政府机构做不到的事，从而可以在全社会范围内分散风险。