医药卫生体制改革方案规定，到２０１１年，基本医疗保障制度全面覆盖合肥城乡居民，城镇职工医保、城镇居民医保和新农合参保率均提高并稳定在９０％以上，城乡医疗救助制度覆盖所有困难人群。２００９年，未参保的国有关闭破产企业退休人员将被纳入城镇职工医保，到２０１１年，城镇职工医保参保率达９０％以上。今年在校大学生基本被纳入城镇居民医保。巩固新农合的参合覆盖面，２０１１年实现参合率９８％以上，城镇居民医保和新农合统筹并轨。


２０１０年，合肥市将实现城镇职工基本医疗保险关系转移接续和缴费年限在市、县之间互认，到２０１１年，实现全市参保人员就医“一卡通”，做到市内流动人员异地就医现场结报，实现异地就医管理服务由参保地向就医地转移。建立覆盖全市各级经办机构、连接各级各类定点医疗机构的基本医疗保障信息管理系统，实现数据共享。


进一步完善以县医院为龙头，乡镇卫生院和村卫生室为基础的农村医疗卫生服务网络和社区卫生服务中心（站）网络。全市乡卫生院和村卫生室标准化建设２００９年达到４０％、２０１０年达到６０％、２０１１年达到８０％。其中，建制乡卫生院标准化建设到２０１１年达标率１００％。每年为乡镇卫生院培训１５０名专业技术人员、１５０名临床医生、１５０名管理人员；对城市社区卫生服务机构全科医师、社区护士进行培训。同时，鼓励返聘退休医生到乡镇、社区基层医疗机构工作。提高基层医生的服务水平，真正做到小病在乡村和社区、大病到医院、康复回到社区的格局。 从２００９年起，合肥市将免费向城乡居民提供３类９项基本公共卫生服务，到２０１１年，３０％的农村居民和５０％的城市居民都将拥有健康档案。同时，为３岁以下儿童做生长发育检查，为孕产妇做产前检查和产后访视，为６５岁以上老年人进行健康指导服务，对高血压、糖尿病等慢性病高危人群进行指导，对确诊高血压和糖尿病患者进行登记，定期进行随访；对重性精神疾病患者进行登记管理，在专业机构的指导下，对在家居住的重性精神疾病患者进行治疗随访和康复指导。

在继续实施结核病、艾滋病等重大疾病预防控制与国家免疫规划、农村妇女住院分娩补助等重大公共卫生项目的基础上，合肥市还提出，２０１１年，完成为合肥市１５岁以下人群补种乙肝疫苗；今年完成８月龄至１４周岁儿童麻疹强化免疫接种；为农村孕产妇住院分娩提供３００元补助，并逐步提高住院分娩补助标准；免费为农村育龄妇女孕前和孕早期补服叶酸；启动农村３５岁－５９岁妇女常见病检查，完成乳腺癌、宫颈癌普查任务；今年为１１００例贫困白内障患者实施免费复明手术。


合肥市将提高基本公共卫生服务经费标准，２００９年全市人均公共卫生服务经费不低于１５元，到２０１１年不低于２０元。到２０１１年，全市建制乡卫生院基本完成乡镇卫生服务中心的转型任务，疾控、卫监、妇幼等公共卫生服务职能纳入卫生服务中心管理，保证城乡居民享有均等化的公共卫生服务。


合肥市市长吴存荣表示，合肥市将在３年内新增投入６０亿元用于医药卫生体制改革。