公立医院改革是医改的重点和难点，近期目标是推进试点，力争取得突破。国家确定了17个公立医院改革试点城市，各省结合实际选定了37个省级试点地区，全国参与改革试点的公立医院数量达到2299个。

试点城市和地区针对区域、城乡医疗资源配置不均衡问题，加大调整医疗资源配置力度，采取新建、迁建、改扩建以及整合公立医院等措施，加强儿科、妇产科、精神卫生、老年护理、康复等薄弱领域服务能力建设。目前，试点城市中有89.1％制定了区域医疗机构设置规划，有72.4％正在推进公立医院布局调整。公立医院和基层医疗卫生机构的分工协作、分级诊疗得到推进，截至2011年9月底，1100多所三级医院与2727个县级医院建立了长期对口协作关系，上海、北京等9省(市)与西部地区的8个省(区)和新疆生产建设兵团建立了省际对口支援关系；1132家县级医院与三级医院建立了远程医疗系统；为边远地区组建4010个巡回医疗服务小分队。

各地开展公立医院管理体制、运行机制改革创新。在管办分开方面，各地根据实际情况探索多种实现形式，包括政府设立医院管委会、成立医院管理机构等。在政事分开方面，着力完善治理机制，推进以理事会为核心的医院法人治理结构改革，完善公立医院院长选拔任用和考核机制。11个试点城市建立了公开选聘院长制度，一些试点城市建立了院长年薪制、问责制等激励和约束机制。在营利性与非营利性分开方面，一些试点城市对医疗机构经营性质认定标准、管理制度、性质转换程序等进行了完善和规范。在医药分开方面，探索逐步降低并取消药品加成，实行医药收支分开，设立独立的药品管理中心或剥离医院门诊药房，同时采取改革医保支付方式、调整医疗服务价格、加大政府投入等多种方式，完善公立医院补偿机制，促进公立医院形成新的运行机制，许多试点城市和地区开展了按病种付费、按人头付费及总额预付等方式的改革。有的试点城市和地区探索了医保经办机构与公立医院的谈判机制。各地把县级医院改革放到突出位置，采取多种方式探索改革以药补医机制，例如陕西省37个试点县加大财政投入，推动县级医院改革取得积极进展。

公立医院以患者为中心，改善内部管理，便民惠民服务不断强化。截至2011年9月底，全国已有1200所(100％)三级医院开展预约诊疗、双休日和节假日门诊，2011年6月份双休日和节假日门诊量占三级医院总诊疗量的12.6％。 5938所二级及以上医院开展了优质护理服务，患者对护理服务的满意度不断提高。190个县(市、区)开展了医师多点执业试点，1677家医院开展了临床路径管理试点。75.7％的二级及以上公立医院参与同级医疗机构检查和检验结果互认。在全国医疗卫生系统开展服务好、质量好、医德好、患者满意的“三好一满意”活动以及抗菌药物专项整治活动。

鼓励社会资本办医政策效应逐步显现。2010年，国务院办公厅转发了发展改革委、卫生部等部门《关于进一步鼓励和引导社会资本举办医疗机构的意见》，着力消除非公立医疗机构发展的政策障碍，确保非公立医疗机构在准入、执业、发展等方面与公立医疗机构同等待遇，促进公立医疗机构和非公立医疗机构共同发展。2010年，中央财政安排4亿元对社会资本举办的基层医疗卫生机构给予支持，同时在国家临床重点专科建设中将非公立医疗机构与公立医疗机构同等对待。截至2011年9月底，深圳市非公立医疗机构达到1769家，占全市医疗机构的73.9％，床位数占全市的21.9％；成都市非公立医疗机构达到5170家，占全市医疗机构的73.6％，床位数占全市的16.3％。