投入产出表的部门划分与现行统计所规定的部门划分不同。投入产出表中的部门为产品部门，也称“纯部门”；而现行统计所采用的部门分类是“企业部门”。纯部门工业总产出是按产品部门的口径计算的，而工业统计中的工业总产值的行业分类是以现行统计中的企业部门分类计算的。 所谓企业部门，就是以企业为核算单位，根据企业生产的主产品的性质而决定企业所应归属的部门。例如：黑色金属冶炼及压延加工企业的主产品是钢材，另外还生产机械产品等，按照企业部门的分类原则，该企业生产钢材的总产值连同所生产的机械产品产值全部计入黑色金属冶炼及压延加工部门的产值。企业根据行业分类国家标准的规定，对照企业生产的性质，把企业划归到相应的行业中去。综合统计部门将全部企业的总产值按所属行业性质分类汇总，就得到了按行业分类口径计算的总产值。 所谓产品部门，是指具有某種相同属性的产品的集合。此集合可以是单一产品，也可以是具有某種相同属性的若干種产品。这里所说的相同属性，是指产品或服务的消耗结构基本相同、产品或服务的生产工艺基本相同、产品或服务的使用用途基本相同。这三个基本相同就是投入产出部门分类的基本原则。但是同一部门内的产品或服务要同时满足上述三个基本相同是不可能的，因而只能根据产品或服务符合某一个基本相同而划归为同一个产品部门。通常一个企业部门可以分为若干个产品部门。也就是说，一个工业企业部门的总产出是若干个纯部门工业总产出的总和。 企业部门所包含的产品比较混杂，因而不能确切地反映国民经济各部门直接的技术经济联系和比例关系，而产品部门的分类方法恰好弥补了企业部门的不足，但同时也带来了统计上的困难。