个人缴纳农村合作医疗保险是要交到自己户籍所在地的乡镇民政部门，因为在乡镇就是民政部门在负责民生事宜，跟城市居民不一样，乡镇农村是没有专门负责医疗保险交纳的社保部门。
关于医保也有相关条例的，《中华人民共和国城镇职工基本医疗保险条例》第二条本省城镇下列单位及其从业人员必须按照本条例参加基本医疗保险： （一）企业及其从业人员； （二）机关、事业单位、中介机构、社会团体、民办非企业单位及其从业人员； （三）部队所属用人单位及其无军籍的从业人员。 上述单位的退休人员适用本条例。