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1、定点医院不同：省直医保针对省直单位职工的医疗保险，定点医院较多，而市医保是负责市直单位的医疗保险；定点医院在本市范围。

2、报销比例、待遇不同：各地情况不一样，一般是省医保报销比例高于市医保。

3、参保人员不同：省医保参保人员是省直单位的职工和档案在省人才代理中心保管且办有省养老统筹的办理；市医保只能是市直单位的职工和档案在市人才代理中心保管且办有市养老统筹的办理。

4、参照缴费基数不同：省医保参保人员是参照全省平均工资水平确定缴费基数办理；市医保参保人员是参照全市平均工资水平确定缴费基数办理。

5、办理机构不同：省医保是由省级社保机构负责办理审核、调转等手续；市医保是由市级社保机构负责办理审核、调转等手续。