1、退保风险
当机动车发生所有权转移时，统筹车险无法像一般车险一样跟随车辆过户，需要车主退出原挂靠的运输公司，这时候就可能会发生退保纠纷。
2、理赔风险
如果车主发生了比较严重的交通事故的话，交强险无法提供足额的保障，不够赔的部分得有车主自己先垫付上，然后办理统筹车险的理赔流程。
而它的理赔不像正规保险公司有严格的标准和原则，理赔时效和基本理赔规则都不在我国《保险法》、银保监会的监管范围内，也没有具体的、专门的监管机构和法律法规去约束，因此理赔方式、理赔标准、理赔金额、理赔速度等都是按照合同约定的标准来进行。
3、纠纷处理风险
投保统筹车险后，一旦发生退保或理赔纠纷，车主要么吃哑巴亏，要么就是诉至法院。通过诉讼的方式来解决问题，这不仅增加了车主的维权成本，而且目前关于统筹车险的法律裁决时，只能采用一般法《合同法》，而不是特别法《保险法》，对车主来说是十分不利的。
在法院认为统筹合同有效的情况下，即使诉讼后可以依据《合同法》赔偿，但是运输公司注册资本有限，如果资产少没有办法履行合同，可能就无法给予风险补偿。