1、参加险种不同

灵活就业人员只可以参加养老保险和医疗保险；但在职职工可以参加养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险、失业保险。

2、缴费基数不同

灵活就业人员的缴费基数是按上年全省在岗职工月平均工资的40%-100%为缴费基数，在职职工是按本人上年度月平均工资为缴费基数。

3、缴费比例不同

灵活就业人员的养老保险缴费比例为20%，医疗保险缴费以当地上年度城镇在岗职工月平均工资的80%为基数，按2%或8%比例缴纳基本医疗保险费。

但在职职工的缴纳社保的比例如下：

（1）养老保险：单位缴纳比例16%，个人缴纳比例8%；
（2）医疗保险：单位缴纳比例7%，个人缴纳比例2%；
（3）失业保险：单位缴纳比例0.7%，个人缴纳比例0.3%；
（4）生育保险：单位缴纳比例1%，个人不缴费(已纳入医疗保险)；
（5）工伤保险：单位缴纳比例0.04%，个人不缴费

4、户籍限制不同

灵活就业人员参与社保必须拥有当地户籍；而在职职工参与社保没有户籍限制，只要是全日制上班都可以缴纳。