谢邀！
1、参加的险种不同：灵活就业社保只参加养老保险和医疗保险，不参加工伤保险、生育保险，不过部分地区是可以参加失业保险。职工社保可以参加养老、医疗、工伤、生育和失业等五种保险，也就是我们常说的五险一金中的“五险”；

2、缴费比例不同：灵活就业社保养老保险缴费比例为20%，医疗保险缴费以当地上年度城镇在岗职工月平均工资的80%为基数，按4.2%或8%比例缴纳基本医疗保险费。职工社保的社保缴费由单位缴纳一定比例，自行缴纳一定比例；

3、缴费基数不同：灵活就业社保以上年全省在岗职工月平均工资的40%-100%为缴费基数，职工社保以本人上年度月平均工资为缴费基数，依据的基础数据不同；

4、户籍限制不同：灵活就业社保个人缴纳社保必须拥有当地户籍，没有当地户籍只能参加城镇职工社保。职工缴纳职工社保没有户籍限制，只要是全日制上班都可以缴纳；

5、缴费主体不同：灵活就业社保个人承担全额费用。职工社保缴纳社保所需费用由用人单位和职工共同承担，用人单位承担大部分，职工承担小部分。并且由单位代扣代缴社保费用；

6、缴费意愿不同：灵活就业社保可以根据自己的实际情况来决定是否要缴纳社保费用，职工社保必须按照规定缴纳社保。